はじめに
みなさん、iDeCo(個人型確定拠出年金)を節税目的で活用していますか?
私は2024年月額12,000円でiDeCoを1年間運用し、会社の年末調整でその掛金を電子的控除証明書でオンライン申請しました。
本記事ではその詳細をシェアできればと思います。

⚠️ 半年前の内容を記事化しています。会社の年末調整のルールや制度変更などにはご注意ください。
⚠️ 本記事は筆者の実体験であり、運用方法や申告手順を推奨するものではありません。最終判断はご自身の責任でお願いします。
管理人の環境
- iDeCo拠出額:月12,000円 × 12ヶ月=年144,000円
- 属性:国民年金第2号被保険者(会社員)
- 年末調整:勤務先が「オフィスステーション」を利用
- 証明書の取得:マイナポータル連携による電子交付(XMLファイル)
- 紙の控除証明書:提出せず、すべてオンラインで完結
事前準備
以下の準備が必要です:
- 2024年中にiDeCoの掛金を拠出していること(※実施年に応じて読み替えてください)
- 勤務先のオフィスステーション年末調整ページにアクセスできること
- マイナポータルへのログイン環境(スマートフォン+マイナンバーカード+専用アプリ)
不安な方は紙の控除証明書も手元に残しておくと安心です(提出は不要)。
申請の手順
全体像
以下の図が、全体の流れです。

実手順
- 端末からマイナポータルアプリを開き、マイナンバーで認証して「マイナポータル」へログインする
- 「マイナポータル」から「e-私物箱」へアクセスする
- (初回のみ)「e-私物箱」のアカウントを作成する
- 「e-私物箱」と「マイナポータル」を連携する
- 「e-私物箱」から「iDeCo」を連携し、電子交付申請をする(数日待つ)
- 「e-私物箱」から「電子的控除証明書(XMLファイル)」をダウンロードする
- 「電子的控除証明書(XMLファイル)」を「オフィスステーション(年末調整の小規模企業共済等掛金控除)」へ提出する
還付金の確認
12月以降の給与明細に年末調整による還付額が記載されていれば、申請は成功です。
※本来は具体的な金額を掲載したいところですが、企業特定の懸念や他の控除と混在しており、今回は控えました。来年(2025年分)は控除内容を分かりやすく記録・記事化予定です。
補足:e-私物箱の役割とは?
今回の手順で利用した「e-私物箱」は、マイナポータルと外部サービス(iDeCo等)をつなぐ中継インターフェースのような役割を担っています。
改ざん防止の仕組みも安心
このXMLファイルには電子署名付きで情報が格納されており、
たとえば金額などを手動で書き換えると、電子署名との整合性が失われて無効になります。
つまり、オフィスステーション側で改ざんが検出され、エラーとなります。
不正防止の観点でもしっかりと設計されている点は安心材料の一つです。
注意点
- タブが大量に開くので、完了後はすべて閉じて整理しておきましょう。
- iDeCoの反映(⑤~⑥)にはタイムラグ(数日)があります。早めに手続きしましょう。
参考リンク
iDeCo公式サイト|iDeCo(イデコ・個人型確定拠出年金)【公式】
終わりに
2024年の年末調整では、マイナンバーカードとマイナポータルを活用し、完全オンラインでiDeCo控除を申請することができました。
年々、税務手続きもDXが進みスマートに完結できるようになっています。
この記事が、みなさんの手続きの参考になれば幸いです。
(2025年度は操作画像まで入れて説明しますね。)
一緒に節税と資産運用頑張りましょう!
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